Nacque a Firenze nel 1902 e, dopo il liceo, si laureò a Bologna nel 1924. Le sue prime pubblicazioni risalgono al 1928 e in quell’anno si trasferì nell’isola di Creta per poter studiare importanti reperti archeologici. Si immerse con passione negli scavi quasi ultimati, accanto al maestro di Rovereto Federico Halbherr, del quale diverrà la sua allieva prediletta.
Racconta una vecchia diceria che l’anziano archeologo si era invaghito di lei, ma Margherita lo allontanò presto con ferma decisione. Negli anni successivi lei non si sposò mai e andò a vivere per parecchio tempo con sua sorella.
Federico si spense nel 1930 e lei prese il suo posto occupando la cattedra di Epigrafia e Antichità greche presso l’università La Sapienza di Roma. Accolse con favore la politica di destra e, da fervente cattolica, si schierò subito contro il divorzio e l’aborto.
Si aprì per lei, nel 1950, una grande notorietà quando, alla fine di quell’Anno Santo, annunciò il ritrovamento della tomba di San Pietro non appena si conclusero i lavori di scavo sotto la basilica vaticana.
Grazie all’amico monsignor Montini, poi diventato papa Paolo VI, venne autorizzata a leggere e a studiare i numerosi graffiti che apparivano accanto alla tomba. Tali studi erano riservati sino a quel momento a personale ecclesiastico maschile. Dopo alcune incertezze, anche a seguito di ripetute negazioni da parte protestante, la scoperta venne ufficiosamente confermata.
Va ricordato che quando l’antica basilica di San Pietro venne eretta dall’imperatore Costantino nel 354 sull’area del circo di Nerone, venne spianata una piccola altura e fu interrata una necropoli. E le reliquie del primo apostolo non furono rinvenute.
Soltanto grazie alle ricerche e alla tenacia di Margherita Guarducci, esse furono ritrovate in una cassa unitamente a detriti vari e a fili d’oro. Paolo VI, nel giugno del 1968, dichiarò tra l’altro: “Possiamo ritenere convincente il ritrovamento delle reliquie di San Pietro, anche se non saranno esaurite le ricerche, le verifiche, le discussioni”.
In seguito, le polemiche non cessarono, ma l’archeologa fu sempre pronta a ribattere, colpo su colpo, a tutti coloro che avanzavano critiche sul suo operato. Persino un archeologo gesuita, Antonio Ferrua, si dichiarò non convinto in merito alla corretta lettura dei graffiti eseguita da Margherita.
Le venne invece incontro un professionista laico, Federico Zeri, che addirittura definì Margherita Guarducci una vera e propria “punta di diamante”. Travolgente come non mai, lei tenne testa ad un ambiente decisamente chiuso e forse anche geloso, che non riuscì mai a digerire l’alta preparazione di Margherita.
Per contro, fanno testo le significative tesi da lei elaborate e risultanti dalla incisiva stesura dei suoi libri. Ne citiamo alcuni: “La tomba di San Pietro. Una straordinaria vicenda” (1989) “Le chiavi sulla pietra. Studi, ricordi e documenti inediti intorno alla tomba di San Pietro” (1995), “Le reliquie di Pietro in Vaticano” (1995). Margherita ci lasciava a 97 anni nel 1999.